高速服务区过夜是否收超时费要看有无相关证据证明在服务区休息，如果是因为正当理由超时并能提供证明的可以免收超时费。超时费仅仅针对的是超出规定时间没有驶离高速公路的车辆，目的是为了打击驾驶员逃费所制定的惩罚性措施。
《甘肃省高速公路管理条例》第十六条 对无正当理由超时行驶的车辆，按照时速60公里所能行驶里程收取车辆通行费。 重庆市高速公路联网收费管理办法》第十五条第二款 在路网内一次通行出入口相同的车辆(U形车)，按该站距路网最远的收费站的收费标准收取车辆通行费，并处以2000元的罚款。